A valle di Savignano riceve il refluo del depuratore di Bastia che tratta la maggior parte dei liquami di Savignano e San Mauro. Recentemente anche parte del comune di Gambettola è stata collegata. Il depuratore di Gatteo, che scaricava a circa 2 km dalla foce del Rubicone, è stato disattivato dal 1991. Anche i reflui di Gatteo ora convergono al depuratore di Bastia che, come quelli di Cesenatico e di Cesena, attua la disinfezione dello scarico e recupera in parte, in periodo estivo, le acque a scopo irriguo.
In prossimità della foce convergono altri canali che drenano il territorio di San Mauro Pascoli e Bellaria ricevendo contributi civili non depurati.
In periodo estivo le acque di questi canali, dal modesto ricambio condizionato dai moti di marea, si colorano frequentemente di rosso o marrone a causa di fioriture algali e possono innescare variazioni cromatiche alla foce e nelle acque del litorale. Le acque che giungono alla foce del Rubicone non hanno buone qualità microbiologiche e condizionano spesso la qualità delle zone limitrofe.
La foce del Rubicone è protetta da piccoli moli che quasi si congiungono alle barriere antierosione. I due moli sono piuttosto distanti l'uno dall'altro e fra di essi esiste un basso fondale, agevolmente accessibile ai bagnanti, ed una spiaggetta attrezzata dal retrostante stabilimento balneare.
Alla foce del Rubicone esiste un divieto di balneazione permanente che si estende fino a 50 metri a nord e a sud dei moli. Si tratta dunque di un reperto storico vivente di eccezionale pregio che nella parte finale sino alla foce è compreso nell’Oasi.
Una area estremamente interessante e significativa per la vegetazione palustre e per l’avifauna che la popola.